科学研究

学术报告

人源神经元CRISPR功能基因组学分析平台

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2019-12-17

    时间:

    23 / 12 / 2019

    11:00-12:00


    地点:

    北京脑科学与类脑研究中心三楼报告厅


    SPEAKER

    田瑞琳,博士研究生

    加州大学旧金山分校


    TOPIC

    人源神经元CRISPR功能基因组学分析平台


    HOST

    Dr. Yi Rao


    ABSTRACT

    虽然正常状态和病理状态的人体细胞种类和基因表达谱在急速增加,但我们对于人细胞特异性基因的功能理解却非常滞后。功能基因组学分析是一种非常强大的在人体细胞上系统鉴别基因功能的工具,但是之前多数的遗传筛选都是在癌症细胞和永生化细胞中进行的。这些筛选工具还没有在任何已分化的、有丝分裂后的细胞类型中建立起来,也就限制了其在对人细胞特异性基因研究中的价值。

    在加州大学旧金山分校Martin Kampmann 研究生期间,我开发了一种基于CRISPR的的功能基因组学分析技术,能在人神经细胞中一次实现大规模基因组学分析。这个技术整合CRISPRi和CRISPRa ,形成了快速、可扩展的用于把诱导多能干细胞分化为人神经细胞。这项技术可在人神经细胞中实现稳定的基因操作,同时也可结合细胞存活率或报告基因水平应用于全基因组混库筛选。这个技术同时也可以与单细胞RNA测序和高通量成像分析结合用于基因敲除后的人神经细胞转录组分析和形态学分析。我们的结果显示了无偏差遗传筛选在iPSC分化细胞类型分析中的强大能力,同时提供了一个用于系统研究正常状态和病理状态人神经细胞的分析平台。


    SPEAKER BIOGRAPHY

    My name is Ruilin Tian. I got my bachelor’s degree in Biological Sciences from Peking University.  After that, I joined Martin Kampmann’s lab at UCSF as a PhD student. I’m working on developing CRISPR-based functional genomics technologies in human neurons to understand the cellular and molecular mechanisms of neurodegenerative diseases. I’m also working on developing new computational pipelines for high-throughput sequencing and imaging data analysis.